王小勤教授的研究方向包括听觉大脑皮层处理语音信号和音乐信号的机制，听觉系统在复杂声场中提取信号的原理，灵长类大脑控制发声和听觉反馈的机理，注意力和行为对听觉大脑皮层的调制，以及听觉大脑皮层处理人工电子耳蜗刺激的神经机制。王小勤教授在听觉神经系统的编码机理研究中做出过若干重大的发现。因对“听觉神经生物学做出的杰出贡献以及开创了在语音通讯生理机制研究中的实验和计算方法”，于1999年获“美国总统青年科学家奖”（Presidential Early Career Awards for Scientists and Engineers）。该项奖是美国政府授予在美国工作的杰出青年科学家的最高荣誉。王小勤教授的实验室创立了使用狨猴（Marmoset）研究灵长类大脑神经机理的独特实验模型，开创了大量狨猴神经电生理和行为学研究的核心实验技术。他领导的团队率先发现听觉大脑皮层神经元处理时变信号的放电机制和对频谱波动的选择性、大脑中处理音高和谐波的神经编码机理以及听觉大脑皮层处理听觉反馈信号的神经机理。这些发现对理解听觉大脑皮层的功能及病理机制有着重大的意义，并已经被逐步写入神经科学领域主流教科书中。王小勤教授近年来的研究工作关注大脑处理音乐信号和音乐记忆的神经机制。